3.01 - EXILE

Sob a influência de kryptonita vermelha e vivendo em Metrópolis, Clark se envolve com um chefão do crime chamado Morgan Edge que o contrata pra invadir a LuthorCorp. Enquanto isso, desesperado pra unir sua família novamente, Jonathan toma medidas drásticas pra trazer Clark pra casa. Na mansão, Lionel acusa Helen de matar Lex.

3.02 - PHOENIX

Depois que Jor-El dá a Jonathan super poderes temporários, ele e Clark se engajam numa batalha destrutiva no topo do prédio da LuthorCorp. Enquanto isso, Lex volta pra casa e deve determinar se foi Lionel ou Helen quem arranjou a queda de seu avião.

3.03 - EXTINCTION

Clark descobre que alguém está caçando pessoas afetadas por pedras de kryptonita e o próximo alvo do assassino é Lex. Clark usa seus poderes pra salvar Lex, mas é pego desprevenido quando o assassino descobre sua fraqueza e o baleia com uma bala de kryptonita.

3.04 - SLUMBER

Clark sonha que está sendo perseguido por uma jovem aterrorisada que precisa de sua ajuda. Entretanto, depois que ele descobre que é na verdade uma vizinha em coma que deveria ter acordado anos atrás, ele solicita a ajuda de Lana pra descobrir a verdade - o que coloca Lana em grave perigo. Enquanto isso, Lionel exige que Lex se submeta a uma avaliação psicológica completa antes de contratá-lo.

3.05 – PERRY

Perry White é um jornalista que chega à Smallville para investigar sobre possíveis alienígenas da chuva de meteoros para um jornal barato, depois de ter tido sua carreira destruída por Lionel Luthor. Devido à interferências solares os poderes de Clark estão saindo de controle e Perry acaba vendo Clark correr em alto velocidade e tenta expor os poderes de Clark.

3.06 - RELIC – 1961

O tio avô de Lana que foi acusado de assassinar sua esposa há quarenta anos atrás, mostra a ela uma foto do homem que ele acredita que havia cometido o crime e ela se surpreende ao ver que ele se parece muito com Clark. Ao investigar, ele descobre que Jor-El esteve na Terra e através de um medalhão kryptoniano, que é uma espécie de diário, ele consegue assistir à vários episódios do passado, entre eles: o romance que ele viveu com Louise (tia avó de Lana) e também a morte dela e principalmente, descobre quem a matou.

3.07 - MAGNETIC

Lana subtamente fica atraída por Seth, um estudante que se mete em uma briga no parque e acaba sendo atingido na cabeça por uma bola de vidro que continha krytonita. Clark que já estava preocupado, fica ainda mais quando Lana fica rebelde e acaba sendo presa. Ele descobre que Seth tem um magnetismo que pode mover obrjetos e influenciar os sentimentos humanos. Lex descobre que Clhoe está pesquisando sobre Lionel e tenta unir forças com ela.

3.08 - SHATTERED

Lex descobre que Lionel e Morgan Edge foram parceiros em trapaças e jogos sujos. Antes que ele possa entregá-los à policia, alguém tenta matá-lo em sua mansão. Lex, amedrontado, pede ajuda à Clark, mas quando ele chega à mansão para investigar não há sinal de nada anormal. Ninguém sabe em quem acreditar quando Lex começa a ter comportamento estranho e Lionel afirma que ele está com um surto psicótico e precisa ser internado para tratamento.

3.09 - ASYLUM

Lex está internado no hospital psiquiátrico e só depois de um mês Clark consegue autorização para visitá-lo. Lex planeja fugir e pede a ajuda de Clark e afirma também que sabe seu segredo. Quando ele se recusa a ajudar, Lex jura vingança. Lionel quer submeter Lex á terapia de choque, Clark tenta impedir mas é acaba sendo atrapalhado por três inimigos que estão também no hospício: Eric Summers (1.12 Leech), Ian Randall (2.09 Dichotic) e Van McNulty (3.03 Extinction) que se unem para destruir Clark. Enquanto isso, Lana conhece Adam na fisioterapia e ganha um estranho novo amigo.

3.10 - WHISPER

Clark descobre a super-audição quando, ao tentar impedir um assalto sofre um acidente com uma kryptonita e acaba ficando temporáriamente cego. Um dos assaltantes é preso e será julgado pela juíza Abigail Ross, mãe de Pete. Sabendo disso, Nathan o assaltante que conseguiu fugir, que tem uma estranha habilidade de vibrar as cordas vocais e causar um som extremamente alto e irritante, sequestra Pete e ameaça matá-lo caso sua mãe condene o assaltante.

3.11 - DELETE

Clark e Lana tentam matar Chloe sem nenhuma razão aparente após terem recebido misteriosos e-mails de Summerholt Institute.Chloe revela que tem provas de que eles estão realizando pesquisas para controlar mentes e percebe que eles podem estar tentando matá-la afim de evitar que ela escreva a respeito. Chloe vai escrever a respeito mas usará um pseudônimo: "Lois Lane", que ela afirma ser uma prima que não tem o menor interesse por jornalismo. Lana decide alugar o apartamento de cima do Talon para Adam mesmo sentindo que ele esconde algo muito perigoso sobre seu passado.

3.12 - HEREAFTER

Smallville High tem um novo aluno. Ele tem o poder de prever a morte das pessoas através do toque. Jordan vê a morte do treinador Altman e Clark consegue impedi-lá. Mas Altman não queria mais viver já que sua filha havia morrido. Ele ouve Lana e a amiga comentarem que foi delas a culpa e decide matá-las a fim de vingar a morte da filha.

3.13 - VELOCITY

Jonathan começa a sofrer as consequências de seu trato com Jor-El, sofre um ataque do coração e acaba parando no hospital. Pete está participando de corridas com carros invenenados com kryptonita. Dante parece incomodado e oferece a ele dinheiro se perder. Quando Pete ganha a corrida, Dante ameaça sua vida. Apavorado, ele pede à Clark que use seus poderes para lhe salvar. Clark fica furioso por Pete tê-lo colocado nessa situação e tenta descobrir uma maneira de ajudá-lo sem expor seu segredo. Lana descobre alguns segredos sobre Adam.

3.14 - OBSESSION

Alicia descobre sobre os poderes de Clark. Ele por sua vez descobre que ela pode se teletransportar, já que foi infectada por meteoros. Ele chega a achar que ela é a garota certa para ele. Mas as coisas vão mal quando ela se torna obsecada. Lana pede para Lex investigar Adam pois quer um motivo para expulsá-lo. A verdade sobre Adam é descoberta.

3.15 - RESURRECTION

Enquanto seu pai espera a cirurgia do coração, Clark se torna amigo de um garoto chamado Garrett cujo irmão Vincent espera também por um doador de fígado. Vincent acaba morrendo mas é ressussitado pela mesma equipe que o fez com Adam, usando células do sangue de clark. Mas como o efeito não dura muito, Garrett fica descontrolado e promete explodir o hospital com uma bomba se não tirarem o fígado de Jonathan para salvar o irmão.

3.16 - CRISIS

Clark fica frustrado ao receber uma ligação de Lana desesperada e a ligação termina com um tiro. Ao procurá-la, ele vê que Lana está bem e que nada aconteceu. Ao investigar, Clark descobre que um poste caiu próximo a pedras de kryptonita o que ocasionou a viagem no tempo da ligação que seria na verdade do dia seguinte e descobre também que é Alam quem dispara o tiro contra Lana. Seus amigos vão tentar mantê-la protegida mas Adam vai encontrá-la.

3.17 - LEGACY

Quando Jonathan começa a agir de forma estranha, Clark acredita que Jor-El está enviando mensagens através da chave e está causando o afastamento de seu pai da família. Clark vai até as cavernas para confrontar seu pai biológico quando Lionel o vê e junta as peças, que leva até o dr. Swann onde um trato é fechado e as verdadeiras intenções de Lionel são reveladas.

3.18 - TRUTH

Chloe está pesquisando sobre o nível 3 LuthorCorp quando acidentalmente inala um misterioso krypto-gas, ela descobre que ele atua como um soro da verdade com qualquer um que entra em contato com ela. Por conta disso, Pete confessa seus sentimentos por ela e que nunca de declarou pois sabe que ela é apaixonada por Clark. Mas, o poder de Chloe vem com consequencias desastrosas e Clark precisa descobrir o antídoto antes que ela descubra seu segredo ou pior, acabe morrendo.

3.19 - MEMORIA

Este episódio trata das lembranças de Lex e Clark quando ambos visitam instituto Summerholt com o Dr. Garner.É cheio de FlashBacks que mostram o passado de ambos e também nos deixa saber várias coisas interessantes sobre o passado dos mesmos. Entre elas podemos ver os pais de Clark, Jor-El e Lara e também Lillian a mãe de Lex.

3.20 - TALISMAN

O episódio tem como centro um talismã ou amuleto que tem relação com as cavernas Kawatche. Conta também a aparição de um outro nativo americano chamado Jeremiah Holdsclaw.